- Rosetta@home
-
Rosetta@home Разработчик Baker laboratory, Вашингтонский университет, Rosetta Commons
Операционная система Первый выпуск Аппаратная платформа Последняя версия • Rosetta Beta: 5.98,
• Rosetta Mini: 3.22Состояние Активное
Лицензия Free for academic and non-profit use, proprietary license available for commercial use[1]
Сайт Rosetta@home Платформа BOINC Объём загружаемого ПО 48 МБ Объём загружаемых данных задания 2,5 МБ Объём отправляемых данных задания 6—150 КБ Объём места на диске 130 МБ Используемый объём памяти 255 МБ Графический интерфейс есть Среднее время расчёта задания 0,5—10 часов (возможно управление временем) Deadline 10 дней Возможность использования GPU нет Rosetta@Home — проект добровольных вычислений, направленный на решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии — вычисление третичной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершённому проекту «Геном человека» известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. Хотя большая часть проекта ориентируется к фундаментальные исследования в области улучшения точности и надежности методов протеомики, Rosetta@home также способствует прикладным исследованиям для борьбы с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями[2]. Foldit — это видеоигра от Rosetta@Home, которая стремится достигать целей проекта с краудсорсинг подходом.
Результаты вычислений Rosetta@Home не доступны напрямую. Так же, нельзя использовать результаты вычислений собственного компьютера.[3] Однако они используются для большого количества научных публикаций.[4]
По сути Rosetta — это компьютерная программа, основными задачами которой являются:
- поиск структуры с наименьшей энергией для заданной аминокислотной последовательности для предсказания структуры белка;
- решение обратной задачи — поиск аминокислотной последовательности с наименьшей энергией для заданной белковой структуры;
- расчёт взаимодействия комплекса белок-белок.
В данном проекте используется обратная связь по прогнозированию и полученным результатам, чтобы улучшать потенциальные функции и алгоритмы поиска.
Содержание
Robetta
Университетом Вашингтона так же поддерживается проект Robetta. На сайте проекта любой может запустить расчёт белков. Робетта использует тот же софт, что и Rosetta@home, но не использует ресурсы участников (это планируется в будущем)[5]. Результаты расчётов доступны для скачивания не только запустившему задачу, но и любому желающему, однако хранятся на сервере всего неделю.[6]
Результаты, полученные проектом Робетта на данный момент могут быть использованы только в образовательных и исследовательских целях. Для коммерческого использования (например, для изготовления лекарств)[7] предлагается лицензировать rosetta и запускать на собственном оборудовании.
Примечания
- ↑ Portfolio Highlight: Rosetta++ Software Suite (англ.). UW TechTransfer – Digital Ventures. Архивировано из первоисточника 16 февраля 2012. Проверено 7 сентября 2008.
- ↑ Rosetta@Home — Исследования, связанные с болезнями
- ↑ Правила использования Rosetta
- ↑ публикации Baker Lab
- ↑ http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_about.php#plans
- ↑ Robetta FAQ
- ↑ Правила использования материалов Robetta
См. также
Ссылки
- Официальный сайт проекта
- Российский сайт распределённых вычислений
- Кто организует распределённые вычисления и кто в них участвует?
- Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home?
- Научный FAQ по проекту Rosetta@Home
- FAQ по проекту Rosetta@Home Русский перевод
- Краткий обзор исследований
- Исследование Болезней
- Сравнение биомедицинских проектов распределённых вычислений
- Перевод статьи о проекте на сайте Livescience.com
- Помогать науке можно играя
Проекты добровольных вычислений Астрономия Albert@Home • Asteroids@home • Constellation • Cosmology@home • Einstein@Home • MilkyWay@home • Orbit@home • PlanetQuest • SETI@home • theSkyNet POGS
Биология и
медицинаBiochemical Library • Cels@Home • CommunityTSC • Correlizer • Docking@Home • DrugDiscovery@Home • DNA@Home • evo@home • evolution@home • FightAIDS@Home • FightMalaria@Home • Folding@home • GPUGrid • Lattice Project • Malariacontrol.net • Neurona@Home • NRG • Poem@Home • Predictor@home • Proteins@Home • QMC@Home • RALPH@Home • RNA World • Rosetta@home • SIMAP@home • SimOne@home • Superlink@Technion • United Devices Cancer Research Project • Volpex@UH • Wildlife@Home
Когнитивные Artificial Intelligence System • MindModeling@Home
Климат APS@Home • BBC Climate Change Experiment • ClimatePrediction.net • Seasonal Attribution Project • Quake Catcher Network - Seismic Monitoring • Virtual Prairie
Математика ABC@home • AQUA@home • Chess960@home • Collatz Conjecture • distributed.net • Enigma@Home • EulerNet • GIMPS • NFSNET • NQueens Project • NumberFields@Home • OProject@Home • PiHex • PrimeGrid • Ramsey@Home • Rectilinear Crossing Number • SAT@home • SHA-1 Collision Search Graz • SubsetSum@Home • RainbowCrack • Seventeen or Bust • SZTAKI Desktop Grid • WEP-M+2 Project • Wieferich@Home • VGTU@Home
Физико-
техническиеBRaTS@Home • CuboidSimulation • eOn • Hydrogen@Home • Leiden Classical • LHC@home • Magnetism@home • µFluids@home • Muon1 DPAD • NanoHive@Home • SLinCA@Home • Solar@Home • Spinhenge@home • QuantumFIRE
Многоцелевые AlmereGrid • CAS@Home • EDGeS@Home • Ibercivis • Optima@home • World Community Grid • Yoyo@home
Прочие Africa@HOME • BURP • DepSpid • DIMES • Ideologias@Home • FreeHAL@home • Gerasim@Home • Pirates@Home • RenderFarm@Home • RND@home • Surveill@Home • YAFU
Утилиты BOINC (Account Manager • Manager • client-server technology • Credit System • Wrapper • WUProp)
Категории:- Программное обеспечение по алфавиту
- Биомедицинские проекты распределённых вычислений
- Проекты добровольных вычислений
Wikimedia Foundation. 2010.