K-mer

K-mer

k-mers (or x-mers where "x" can be virtually any consonant of choice) usually refer to specific n-tuples or n-grams of nucleic acid or amino acid sequences that can be used to identify certain regions within biomolecules like DNA (e.g. for gene prediction) or proteins. Either k-mer strings as such can be used for finding regions of interest, or k-mer statistics giving discrete probability distributions of a number of possible k-mer combinations (or rather permutations with repetitions) are used. Specific short k-mers are called oligomers or "oligos" for short.

ee also

* polymer
* N-gram

Examples

*Dimer = AGAGAGAGAGAGAG
*Trimer = AAGAAGAAGAAG


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  • Mer du Nord — Carte de la mer du Nord. Géographie humaine Pays côtier(s) …   Wikipédia en Français

  • mer — (mèr) s. f. 1°   La vaste étendue d eau salée qui baigne toutes les parties de la terre. •   Je vais passer la mer, pour voir si l Afrique, que l on dit produire toujours quelque chose de rare, a rien qui le soit tant qu elles [deux dames], VOIT …   Dictionnaire de la Langue Française d'Émile Littré

  • Mer Blanche — Carte de la mer Blanche. Géographie humaine Pays côtier(s) …   Wikipédia en Français

  • Mer Dumont d'Urville — Géographie humaine Pays côtier(s)  Antarctique Géographie physique Type …   Wikipédia en Français

  • Mer Jaune — Carte de la mer Jaune. Géographie humaine Pays côtier(s) …   Wikipédia en Français

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